一、两者的主要部件结构——立柱，有明显差异。
卧式加工中心的立柱，都是设计成动柱式的，正T型的卧式加工中心，其立柱沿X向移动，倒T型的卧式加工中心，其立柱沿Z向移动。移动立柱的结构，就要求立柱必须在满足刚性的前提下，尽可能的轻巧，进口机床往往用钢板焊接结构来到达这样的目的。
立式加工中心的立柱一般设计成不移动的。为了追求刚性，一般制造时尽可能使其粗壮。偶尔也有设计成动柱式立式加工中心，动柱立式加工中心工作台只做X或Y向运动，而立柱相应会做Y或X向运动，这种设计方式对立柱的驱动电机有较大的功率要求。
二、两者的工作台形式不同。
卧式加工中心的工作台，只设计成X或Y向运动，工作台形式一般是点阵螺孔台面的旋转式工作台，相对较容易选装交换式双工作台。
立式加工中心工作台，通常为十字滑台结构的T型槽工作台，有两套运动机构负责相互垂直方向的移动，X向进给的工作台覆盖在负责Y向进给的导轨之上。
三、两者加工时的排屑状况不同。
立式加工中心，由于其结构的特点，通常在加工型腔或下凹的型面时切屑不易排出，严重时会损坏刀具，破坏已加工表面，影响加工的顺利进行。
而卧式加工中心加工时排屑容易，加工状况相对较理想。
四、两者的操控有所不同。
一般卧式加工中心所加工工件，都比较庞大，装夹困难，不容易监控加工过程，操作调试相对困难。
而立式加工中心装夹一般很方便，便于操作，易于观察加工情况，调试程序容易。
五、两者加工对象不同。
卧式加工中心，一般在一次装夹后，可以完成除安装面和顶面以外的其余四个表面的加工，适合加工箱体类零件，加装角度头后可以实现五面体加工。
而立式加工中心，受立柱高度及换刀装置的限制，不能加工太高的零件，适合加工盘、套、板类零件，所加工工件体积相对较小，如果要实现工件的侧面加工必须加装角度头或者数控转台。如在工作台上安装一个沿水平轴旋转的回转台，可用以加工螺旋线类零件。
通过上述讲解我们可以知道，卧式加工中心结构复杂度要超过立式加工中心，需要专业人员进行操作，因此生产出来的产品质量也更好，应用范围也更广。
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