PCR实验室各区域仪器设备配备通常如下：
（1）试剂准备区仪器设备主要应有加样器、冰箱、天平、低速离心机、混匀器、可移动紫外灯等。可使用超净工作台作为试剂配制操作台面。
（2）标本制备区仪器设备主要应有生物安全柜（最好为B2，可避免提取核酸在柜内反复循环，造成标本间交叉“污染”，出现假阳性结果。此外还应配备加样器、台式高速离心机（冷冻及常温）、台式低速离心机、恒温设备（水浴和/或干浴仪）、冰箱、混匀器和可移动紫外灯等。
（3）扩增区主要仪器就是核酸扩增热循环仪（PCR仪，实时荧光或普通的）。热循环仪的电源应专用，并配备一个稳压电源或UPS，以防止由于电压的波动对扩增测定的影响。此外，根据工作需要，还可配备加样器、超净台等。
（4）产物分析区：本区所使用的仪器设备可能有加样器、电泳仪（槽）、电转印仪、杂交炉或杂交箱、水浴箱、DNA测序仪、酶标仪和洗板机等。
PCR基因扩增实验室须拥有的条件：
1、 必须在无菌无尘环境下进行操作；
2、 检测人员必须通过国家临检中心业务培训并取得合格证书；
3、 必须通过国家临床检验中心的验收和认证；
4、 检测设备必须符合标准PCR荧光实验室设置要求；
5、 必须拥有标准的PCR荧光实验室。
PCR实验室的布局：
PCR实验室原则上为试剂准备区、样品制备区、扩增区和扩增产物分析区四个单独的工作区域并有专用走廊，各工作区域应设缓冲间，工作区域缓冲间宜安装连锁装置；不同功能的工作区应是分隔独立的，各工作区有明显的标志，不能直通，如果紧密相连，需安装物品传递窗，前两区为扩增前区，后两区为扩增后区，扩增前区与扩增后区应严格分开；试验材料、试剂、记录纸、笔、清洁材料等，只能从扩增前区流向扩增后区，从试剂准备区→样品制备区→扩增区→扩增产物分析区，不得逆向流动；实验室的气流也应从扩增前区流向扩增后区，不得逆向流动，各工作区顶部应安装紫外灯，紫外灯的波长为254nm，每20平方一支40W的紫外灯。
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